Câu lạc bộ thành lập vào năm 1998 với tên gọi Câu lạc bộ Bóng đá nữ Hà Tây tại tỉnh Hà Tây, Việt Nam. Thành tích cao nhất của câu lạc bộ là đội nữ Hà Tây trước đây với chức vô địch Quốc gia năm 2006. Huấn luyện viên khi đó là ông Giả Quản Thác lập kỷ lục với 5 chức vô địch Quốc gia dành cho nữ.[2] Tuy nhiên vào năm 2008, do tỉnh Hà Tây sáp nhập vào thủ đô Hà Nội nên Câu lạc bộ đổi tên thành Hòa Hợp Hà Tây. Từ năm 2009 đến năm 2011, Câu lạc bộ liên tục đổi tên thành Hòa Hợp Hà Nội (2009), Hà Nội Tràng An II (2010-2011). Từ năm 2012 cho đến năm 2017, Câu lạc bộ duy trì với cái tên Hà Nội II và được xem là đội bóng sân sau của Hà Nội I.[3] Mùa giải 2017 là mùa giải cuối cùng của câu lạc bộ bóng đá này trước khi chấm dứt sự tồn tại của họ.

Mùa giải 2020, đội bóng được đăng ký tham dự giải Quốc gia trở lại với cái tên "Hà Nội II Watabe", dưới sự dẫn dắt của Huấn luyện viên Đặng Quốc Tuấn.